數控鉆孔機床的編程分為手動編程和自動編程
1.手動編程
手動編程是指手動零件加工編程的全過程，即從零件圖的分析，確定加工過程，數值計算，編制零件加工程序清單，輸入到數控裝置直至程序檢查。一般為幾何形狀簡單，數值計算較為方便，程序段部分不多，采用手工編程經濟，及時方便，因此在點加工或經直線和圓弧輪廓加工時，手工編程仍然被廣泛使用。對于形狀復雜的零件，特別是那些非圓曲線，列表曲線和復雜曲面的零件，很難進行手工編程，有時甚至無法編程，這類零件必須使用自動編程方法進行編程。
2.自動編程
自動編程是使用特殊的計算機軟件編程的nc零件處理程序。程序員只需要根據零件圖的要求，使用CNC編程語言，手動編寫源程序對零件加工要求的描述，由計算機自動進行數值計算和后處理，寫出零件加工程序清單。根據計算機的要求可以自??動打印程序清單，可以通過通訊方式直接處理程序到數控機床，數控設備根據輸入的零件加工程序控制機床工作。自動編程可有效完成繁瑣的數值計算，并有效解決各種模具和復雜零件難以通過手動編程完成的編程問題。
根據輸入方式的不同，自動編程語言程序有自動編程系統，圖形交互自動編程系統和語音自動編程系統。語言程序自動編程是指將加工零件的幾何尺寸，加工要求，切削參數和輔助信息用CNC語言輸入源程序，輸入到計算機中，由計算機進一步加工以得到零件加工程序清單。圖形交互自動編程是指利用圖形輸入設備和圖形菜單將部分圖形信息直接輸入計算機進行進一步處理，最后得到處理程序。自動語音編程使用語音識別器將操作員發出的處理指令聲音轉換為處理程序。
與手動編程相比，自動編程可以減少工作量，縮短編程時間，并提高編程的準確性。
